No fue sino hasta el Torneo Apertura 2009 cuando Javier comenzó a sobresalir en su equipo, terminando como el tercer máximo goleador del torneo, al haber anotado 11 goles en 17 partidos, camiseta united 2023 convirtiéndose en un jugador titular del Guadalajara. La siguiente campaña, tras el cese de Bill Lambton como entrenador, Don Revie ocuparía el cargo de jugador-entrenador pero el equipo terminó 14.º en segunda división. Debido a una lesión, Javier no anotó un solo gol durante 5 jornadas, razón por la que no figuraba dentro de la alineación de su equipo.
