El Wigan Athletic descendió de la nueva Football League Second Division en 1993, y un año después finalizó decimonoveno en la Third Division, camiseta manchester united en su peor campaña como equipo profesional. El primer paso para que se cumpliera el sueño de Whelan de ver al Wigan en la Premier League llegó en la temporada 1996-97, cuando el equipo gana la Third Division bajo la conducción de John Deehan. En la primera temporada en el fútbol profesional, el Wigan terminó sexto y dos años más tarde subió a la Football League Third Division.
